A doença fazia parte da vida quotidiana. Para muitas enfermidades não havia tratamento, e os doentes aceitavam que tinham simplesmente que viver com elas. Uma dessas doenças era a lepra, uma doença infecciosa da pele. Os leprosos tinham que viver afastados, por causa do medo do contágio e havia leis que os proibiam de entrar nas cidades. Construíram-se casas (leprosarias ou gafarias) onde os leprosos podiam viver juntos, em geral longe das cidades.
Entre as doenças vulgares para as quais não havia cura contam-se o sarampo, a tuberculose, a desinteria, a difteria, a varíola e a escarlatina.
A mais temida das doenças era a peste bubónica, conhecida por peste negra. Chegou à Europa vinda do Oriente, e manifestou-se pela primeira vez em Itália em 1347. Espalhou-se rapidamente matando entre 20% a 40% da população europeia. Em Portugal, entre fins de Setembro e o Natal de 1348, a peste negra matou cerca de um terço da população. A peste era transmitida pelos ratos e pelas pulgas. Uma das razões da rápida propagação da peste nas cidades era a falta de higiene. Nesta época as pessoas viviam no meio de grande sujidade. O lixo das casa e oficinas era simplesmente atirado para a rua. Só no século XIX se compreendeu devidamente a importância da limpeza para a saúde.
